7. 상가분양받아서 자가개국시 부가가치세 환급문제

나중에 약국을 하려고 상가를 분양받으면 상가 분양대금중에는 건물분과 토지분 금액이 있는 데 건물분 분양금액에는 부가가치세 10% 가 별도로 있으며 사업자등록증을 발급받아 건물분 부가가치세를 환급받을 수 있는 것입니다.

그러나 건물분 부가가치세를 환급받은 후에 약사님께서 상가가 나중에 완공후 분양받은 상가에서 자가로 약국을 경영하는 경우 상가 건물분에 대한 환급받았던 부가가치세액중에서 총약국매출액중 면세분인 조제매출액 비율만큼은 환급받을 수가 없게 되는 것입니다.

그 이유는 약국의 매출은 부가가치세 과세대상인 일반매약매출(과세분)과 부가가치세와 관계없는 부가가치세 면세대상인 조제매출(면세분)로 구분되는 데 만약 처방조제매출액이 월 2천만원(약값포함), 일반매약매출액도 월 2천만원원정도라고 가정하면 부가가치세 면세비율이 약 50 % 가 되는 것입니다.

그러면 환급받았던 부가가치세 환급세액중 50% 는 환급받을 수가 없게되어 다시 재납부해야 하는 것입니다.

또한 이후에 총매출액에서 차지하는 처방조제매출액 비율, 즉 면세비율이 계속 변동이 될텐데 처방조제매출액의 비율 즉 면세비율이 늘어나면 재납부해야 하고 면세비율이 줄어들면 다시 환급받아야 하는 복잡한 재계산을 하여야 하는 것입니다.